Αυτό που διαφοροποιεί την ψυχαναλυτική ψυχοθεραπεία από τα άλλα είδη ψυχοθεραπείας (π.χ. γνωστική – συμπεριφορική ψυχοθεραπεία, συστημική και άλλες) είναι ότι στόχος της ψυχαναλυτικής ψυχοθεραπείας είναι η εξερεύνηση του ασυνειδήτου. Για την ψυχανάλυση το άγχος ή τα διάφορα συμπτώματα (όπως επί παραδείγματι η κρίση πανικού) είναι αποτέλεσμα ασυνείδητων ψυχικών συγκρούσεων που λαμβάνουν χώρα στο ασυνείδητο ενός ατόμου. Συνεπώς για την ψυχαναλυτική θεωρία το σύμπτωμα είναι η “κορυφή του παγόβουνου” και αυτό το οποίο θα πρέπει να εξερευνηθεί είναι το κομμάτι του παγόβουνου που βρίσκεται κάτω από την επιφάνεια της θαλάσσης, δηλαδή το ασυνείδητο ενός ατόμου.
Ο σκοπός της ψυχαναλυτικής ψυχοθεραπείας είναι να κάνει το ασυνείδητο συνειδητό. Η εξερεύνηση αυτή, γίνεται μέσα από την σχέση που δημιουργεί ο θεραπευόμενος με τον θεραπευτή. Αυτό βαθμιαία θα βοηθήσει έναν άνθρωπο να κατανοήσει καλύτερα τα συναισθήματα του, τις εσωτερικές του συγκρούσεις και έτσι να αποκτήσει μεγαλύτερο έλεγχο στη ζωή του. Επιπρόσθετα, η ψυχαναλυτική ψυχοθεραπεία έχει ένα αρκετά διαφορετικό πλαίσιο από των άλλων ψυχοθεραπευτικών παρεμβάσεων, στο οποίο ακολουθούνται συγκεκριμένοι κανόνες.